Complejo Jaltepeque es la segunda extensión más grande de agua salobre y humedales intermareales arbolados en El Salvador. El sitio incluye una variedad de ecosistemas marinos y costeros como bosques de manglares, playas de arenas, lagunas de agua dulce y ríos estacionarios y permanentes. Los diferentes ecosistemas del sitio albergan una alta diversidad de especies incluyendo 272 especies vegetales incluyendo especies amenazadas a nivel mundial como el madresal (Avicennia bicolor), el cedro (Cedrela odorata) y la caoba (Swietenia macrophylla). El bosque de manglar es un hábitat importante para las 284 especies que ocurren en la zona incluyendo al loro nuca amarilla (Amazona auropalliata), playero canuto (Calidris canutus) y la aguililla negra mayor (Buteogallus urubitinga), entre otros. En el sitio también se encuentran 96 especies de peces, 44 de mamíferos terrestres, al menos 8  deanfibios y 26 de reptiles incluyendo especies vulnerables incluidas en la lista roja de UICN como el tiburón martillo (Sphyrna lewini), el tiburón coyotito (Nasolamia velox), la tortuga golfina (Lepidochelys olivácea) y la tortuga laud (Dermochelys coriácea). El sitio es fuente de medios de vida para las comunicadas aledañas a través de la pesca artesanal y el turismo. Entre las principales amenazas se encuentran la deforestación para agricultura y ganadería, caza ilegal y la contaminación de las aguas por vertidos de aguas residuales domésticas y actividades industriales y agrícolas.